Đó là do Theme của 1 Plugin nào đó, Aptana chẳng hạn.
Cách sửa lại như cũ : Windows > Preferences > Aptana : Theme- chọn cái bạn thích .
Nếu vẫn không được thì có lẽ do bạn lỡ tay chỉnh mục font & color ...
Nguồn : http://stackoverflow.com/questions/7765222/eclipse-console-turned-into-black-background-after-installing-aptana-plugin